O curso oferece oportunidades para a participação dos alunos em atividades de iniciação científica nos projetos de pesquisa científica e aplicada, desenvolvidos na área da computação e em outras áreas do conhecimento. 

Os grupos de pesquisa cadastrados no CNPq (Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, do Ministério da Ciência e Tecnologia) e que atuam no Campus Itajaí são: 

• Laboratory of Embedded and Distributed Systems - LEDS.
  

• Grupo de Informática na Educação.
  

• Grupo de Inteligência Aplicada.
  

Os alunos vinculados aos projetos de pesquisa têm a oportunidade de realizar trabalhos em conjunto com pesquisadores dos programas de Pós-graduação em Computação, Mestrado em Computação Aplicada e Mestrado e Doutorado em Educação.

As oportunidades de pesquisa são pleiteadas pelos professores vinculados aos grupos de pesquisa e laboratórios especializados do curso. A cada ano, editais internos e externos são alvo de propostas efetivadas pelos docentes que demandam por alunos participativos para vínculo e execução dos trabalhos aprovados. Os alunos vinculados aos projetos se tornam bolsistas e, de certa forma, representantes discentes do curso frente as feiras e mostras realizadas pela Instituição.