O curso de Engenharia Química dispõe de laboratórios destinados às aulas práticas que integram o conjunto de laboratórios da Escola do Mar, Ciência e Tecnologia. Estes ambientes são compartilhados entre cursos que abordam as práticas comuns nas engenharias.

O Laboratório de Operações Unitárias atende as disciplinas profissionalizantes e específicas do curso. Este laboratório é composto por 15 módulos didáticos que abrangem as atividades experimentais que incluem montagem, medidas e interpretação de resultados, e abrangem as disciplinas nos domínios de Mecânica dos Fluidos, Operações Unitárias, Fenômenos de Transporte, Processos Industriais, Cinética de Reatores e Termodinâmica, acolhendo também o desenvolvimento de pesquisa associada a projetos da escola, e que auxiliam em experimentos de Trabalhos de Iniciação Científica e Tecnológica (TICT).

Em parceria com a Escola de Ciências da Saúde, o curso conta com a utilização de laboratórios para desenvolvimento de pesquisas nas áreas que utilizam equipamentos mais sensíveis como Cromatografia Gasosa, ICP-MS e Infravermelho.