A Seção de Esportes daCoordenação de Educação Física, vinculada à Escola de Ciências da Saúde, promove a prática desportiva dentro do ambiente acadêmico, no intuito de melhorar a qualidade de vida e fomentar o esporte de desempenho. A prática de esportes beneficia a sociedade, pois reduz a probabilidade de aparecimento de doenças e contribui para a formação física e psíquica.
Para as pessoas que buscam qualidade de vida, a universidade desenvolve atividades esportivas gratuitas para acadêmicos, egressos, professores e colaboradores. Além destas ações, são oferecidos cursos de extensão com baixo custo. A Seção de Esportes também organiza eventos esportivos, como os Jogos Internos da Univali (JIU).
No incentivo ao esporte de desempenho, a Univali compete nos Jogos Universitários (JUCs e JUBs) e nos Jogos Escolares Municipais.
A Universidade também possui o Bolsa-Atleta, uma bolsa de estudos para que acadêmicos atletas possam representar a instituição em competições oficiais da Fundação Catarinense de Esporte (FESPORTE) e da Confederação Brasileira de Desporto Universitário (CBDU).