O PPCTA é constituído por duas grandes áreas de atuação e quatro linhas de pesquisa, sendo elas:
Grande área – Ecossistemas aquáticos
Linha 1 – Estrutura e processos de ambientes aquáticos
Linha 2 - Utilização e manejo de recursos naturais
Grande área – Tecnologia para Gestão Ambiental e Cidades Sustentáveis
Linha 1 – Estratégia para gestão ambiental e cidades sustentáveis
Linha 2 - Tecnologia para gestão ambiental e cidades sustentáveis